Setelah menjadi fakultas pada tahun 1993, meski masih di bawah struktur Sekolah Pascasarjana USU, pada tahun 1999 lahir Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat Strata 2 (dua) melalui SK Dirjen Dikti Depdiknas RI No. 295/DIKTI/Kep/1999 tanggal 16 Juni 1999 dengan minat studi Kesehatan Kerja. Pada tahun 2000, lahir lagi program baru yakni Program Studi Administrasi dan Kebijakan Kesehatan (SK Dirjen Dikti Depdiknas RI, No. 353/DIKTI/ Kep/2000; tangggal 25 September 2000). Program studi ini kemudian mengembangkan 5 minat studi: 1) Administrasi dan Kebijakan kesehatan, 2) Administrasi Rumah Sakit, 3) Administrasi Kesehatan Komunitas/Epidemiologi, 4) Administrasi dan Kebijakan Gizi Masyarakat, dan Manajemen Kesehatan Bencana.

Pada tahun 2005, keluar SK Dirjen Dikti Depdiknas RI No. 136/D/T/2005 pada tanggal 10 Mei 2005 tentang Pendirian Program Studi Manajemen Kesehatan Lingkungan Industri. Selanjutnya pada tahun 2007, seluruh Program Studi S2 yang induknya Ilmu Kesehatan Masyarakat, melalui SK Rektor USU No 1535/ H5.1.R/SK/PRS/2009, pengelolaannya ditempatkan di FKM USU. Nama program studinya pun berubah menjadi Program Studi (S-2) Ilmu Kesehatan Masyarakat. Program Studi S3 Ilmu Kesehatan Masyarakat kemudian dibuka pada tahun 2009 melalui Surat Keputusan Rektor USU No. 929/H5.1.R/SK/PRS/2009. Ketiga program studi (S1, S2, dan S3) yang berada di FKM USU saat ini terakreditasi BAN PT dengan peringkat “B” hingga 2020.

Berdasarkan SK Rektor USU No. 28/ H5.1.R/SK/PRS/2010, Program Studi S2 IKM membuka Minat Studi Kesehatan Reproduksi. Dengan demikian sejak tahun akademik 2010/2011, Program Studi S2 IKM FKM USU memiliki 9 Minat Studi, yaitu:

• Administrasi dan Kebijakan kesehatan (AKK)
• Administrasi Rumah Sakit (ARS)
• Administrasi Kesehatan Komunitas/Epidemiologi (AKKm/E)
• Administrasi dan Kebijakan Gizi Masyarakat (AKGM)
• Manajemen Kesehatan Bencana (MKB)
• Kesehatan Kerja (KK)
• Promosi Kesehatan dan Ilmu Perilaku (PKIP)
• Manajemen Kesehatan Lingkungan Industri (MKLI)
• Kesehatan Reproduksi (KR)

PENGELOLA PROGRAM
Unsur Pimpinan

Pengelola Program Studi S2 Ilmu Kesehatan Masyarakat (IKM) FKM USU, adalah: 

• Ketua Program Studi S2
• Sekretaris Program Studi S2 

Tugas dan Wewenang Ketua dan Sekretaris PS S2 IKM FKM USU, adalah:

1. Ketua Program Studi, bertugas sebagai koordinator dan pengendali pelaksanaan proses belajar mengajar pada Program Studi dan bertanggungjawab kepada Dekan.
2. Sekretaris Program Studi, bertugas membantu Ketua Program Studi dalam menyelesaikan administrasi dan mengawasi pelaksanaan proses belajar mengajar pada Program Studi.
3. Ketua dan Sekretaris Program Studi, bertugas memantau kemajuan penyelesaian dan penulisan tesis dan bertanggungjawab kepada Dekan.

Dosen

• Kegiatan perkuliahan, bimbingan penelitian dan penulisan tesis dilaksanakan oleh dosen yang direkrut dari fakultas di lingkungan Universitas Sumatera Utara dan dari perguruan tinggi lain yang diakui pemerintah atau dari luar perguruan tinggi yang dinilai kompeten dalam bidang ilmunya.
• Dosen diusulkan oleh Ketua dan Sekretaris Program Studi kepada Dekan untuk diteruskan dan ditetapkan oleh Rektor.
• Setiap mata kuliah yang diberikan dalam penyelenggaraan pendidikan ditetapkan seorang dosen sebagai Pengampu Mata Kuliah, yang bertanggung jawab terhadap pengajaran mata kuliah. Dalam pelaksanaan tugasnya, pengampu mata kuliah dapat dibantu oleh dosen lainnya sebagai anggota. Pengampu mata kuliah bertugas: 
• Mengoordinasikan dan bertanggung jawab terhadap materi yang diajarkan dan kelancaran kegiatan akademik mata kuliah yang diasuhnya.
• Mengoordinasikan dan bertanggung jawab terhadap penilaian akhir mata kuliah yang diasuhnya.